LinuxQuestions.org

LinuxQuestions.org (/questions/)
-   Programming (https://www.linuxquestions.org/questions/programming-9/)
-   -   read pdb file and store x,y,z data into array (https://www.linuxquestions.org/questions/programming-9/read-pdb-file-and-store-x-y-z-data-into-array-4175439056/)

vjramana 11-27-2012 10:55 PM
read pdb file and store x,y,z data into array
 
I have a pdb (protein data bank) file for my bilayer structure. The format of the data in the file is:

Code:
REMARK  1                    PDB file generated by ptraj (set  1000)
ATOM      1  O22 DDM    1      2.800  4.419  20.868  0.00  0.00
ATOM      2  H22 DDM    1      3.427  4.096  20.216  0.00  0.00
ATOM      3  C22 DDM    1      3.351  5.588  21.698  0.00  0.00
ATOM      4  H42 DDM    1      3.456  5.274  22.736  0.00  0.00
ATOM      5  C23 DDM    1      2.530  6.846  21.639  0.00  0.00
ATOM      6  H43 DDM    1      2.347  7.159  20.611  0.00  0.00
ATOM      7  O23 DDM    1      1.313  6.498  22.334  0.00  0.00
ATOM      8  H23 DDM    1      0.903  5.837  21.771  0.00  0.00
ATOM      9  C24 DDM    1      3.073  8.109  22.266  0.00  0.00
ATOM    10  H44 DDM    1      3.139  7.837  23.319  0.00  0.00
ATOM    11  O24 DDM    1      2.218  9.278  22.007  0.00  0.00
ATOM    12  H24 DDM    1      1.278  9.184  22.179  0.00  0.00
ATOM    13  C25 DDM    1      4.494  8.317  21.764  0.00  0.00
ATOM    14  H45 DDM    1      4.391  8.452  20.687  0.00  0.00
ATOM    15  C26 DDM    1      5.150  9.522  22.451  0.00  0.00
ATOM    16  H46 DDM    1      5.281  9.338  23.517  0.00  0.00
ATOM    17  O26 DDM    1      6.463  9.793  21.813  0.00  0.00
ATOM    18  H26 DDM    1      6.132  9.832  20.913  0.00  0.00
ATOM    19  H47 DDM    1      4.556  10.422  22.293  0.00  0.00
ATOM    20  O25 DDM    1      5.310  7.134  22.038  0.00  0.00
ATOM    21  C21 DDM    1      4.803  5.890  21.312  0.00  0.00
ATOM    22  H41 DDM    1      5.411  5.039  21.619  0.00  0.00
ATOM    23  O14 DDM    1      4.862  6.018  19.861  0.00  0.00
ATOM    24  C14 DDM    1      5.929  5.361  19.124  0.00  0.00
ATOM    25  C13 DDM    1      5.287  4.475  18.028  0.00  0.00
ATOM    26  C12 DDM    1      6.158  3.960  16.892  0.00  0.00
ATOM    27  H32 DDM    1      6.656  3.058  17.247  0.00  0.00
ATOM    28  O12 DDM    1      5.297  3.529  15.813  0.00  0.00
ATOM    29  H12 DDM    1      5.801  2.924  15.263  0.00  0.00
ATOM    30  H33 DDM    1      4.519  5.032  17.491  0.00  0.00
ATOM    31  O13 DDM    1      4.504  3.420  18.590  0.00  0.00
ATOM    32  H13 DDM    1      3.745  3.387  18.002  0.00  0.00
ATOM    33  H34 DDM    1      6.534  4.701  19.745  0.00  0.00
ATOM    34  C15 DDM    1      6.877  6.364  18.569  0.00  0.00
ATOM    35  H35 DDM    1      6.346  7.058  17.919  0.00  0.00
ATOM    36  C16 DDM    1      7.803  7.026  19.651  0.00  0.00
ATOM    37  H36 DDM    1      8.506  6.293  20.046  0.00  0.00
ATOM    38  O16 DDM    1      8.542  8.137  19.068  0.00  0.00
ATOM    39  H16 DDM    1      9.284  7.739  18.608  0.00  0.00
ATOM    40  H37 DDM    1      7.190  7.442  20.451  0.00  0.00
ATOM    41  O15 DDM    1      7.779  5.737  17.573  0.00  0.00
ATOM    42  C11 DDM    1      7.212  4.973  16.463  0.00  0.00
ATOM    43  H31 DDM    1      6.772  5.664  15.744  0.00  0.00
ATOM    44  O11 DDM    1      8.252  4.232  15.669  0.00  0.00
ATOM    45  C71 DDM    1      9.333  5.077  15.113  0.00  0.00
ATOM    46  H71 DDM    1      8.967  6.046  14.774  0.00  0.00
ATOM    47  H72 DDM    1      9.939  5.217  16.008  0.00  0.00
ATOM    48  C72 DDM    1      10.045  4.280  14.061  0.00  0.00
ATOM    49  H73 DDM    1      10.905  3.799  14.528  0.00  0.00
ATOM    50  H74 DDM    1      9.392  3.499  13.672  0.00  0.00
ATOM    51  C73 DDM    1      10.626  5.095  12.881  0.00  0.00
ATOM    52  H75 DDM    1      9.754  5.292  12.256  0.00  0.00
ATOM    53  H76 DDM    1      11.064  6.067  13.108  0.00  0.00
ATOM    54  C74 DDM    1      11.588  4.237  11.991  0.00  0.00
ATOM    55  H77 DDM    1      11.191  3.259  11.720  0.00  0.00
ATOM    56  H78 DDM    1      11.682  4.611  10.971  0.00  0.00
ATOM    57  C75 DDM    1      12.935  4.121  12.765  0.00  0.00
ATOM    58  H79 DDM    1      13.382  5.114  12.712  0.00  0.00
ATOM    59  H80 DDM    1      12.738  4.024  13.833  0.00  0.00
ATOM    60  C76 DDM    1      13.868  3.158  12.105  0.00  0.00
ATOM    61  H81 DDM    1      13.366  2.211  11.905  0.00  0.00
ATOM    62  H82 DDM    1      14.128  3.459  11.090  0.00  0.00
ATOM    63  C77 DDM    1      15.160  2.954  12.878  0.00  0.00
ATOM    64  H83 DDM    1      15.878  2.491  12.202  0.00  0.00
ATOM    65  H84 DDM    1      15.521  3.960  13.090  0.00  0.00
ATOM    66  C78 DDM    1      14.983  2.175  14.214  0.00  0.00
ATOM    67  H85 DDM    1      15.831  2.297  14.888  0.00  0.00
ATOM    68  H86 DDM    1      14.207  2.662  14.804  0.00  0.00
ATOM    69  C79 DDM    1      14.599  0.716  13.949  0.00  0.00
ATOM    70  H87 DDM    1      13.649  0.765  13.417  0.00  0.00
ATOM    71  H88 DDM    1      15.367  0.337  13.276  0.00  0.00
ATOM    72  C80 DDM    1      14.470  -0.193  15.194  0.00  0.00
ATOM    73  H89 DDM    1      15.352  -0.161  15.834  0.00  0.00
ATOM    74  H90 DDM    1      13.690  0.301  15.773  0.00  0.00
ATOM    75  C81 DDM    1      14.189  -1.652  14.698  0.00  0.00
ATOM    76  H91 DDM    1      13.282  -1.613  14.094  0.00  0.00
ATOM    77  H92 DDM    1      14.991  -1.879  13.995  0.00  0.00
ATOM    78  C82 DDM    1      13.956  -2.610  15.877  0.00  0.00
ATOM    79  H93 DDM    1      14.909  -2.750  16.387  0.00  0.00
ATOM    80  H94 DDM    1      13.113  -2.520  16.562  0.00  0.00
ATOM    81  H95 DDM    1      13.766  -3.622  15.519  0.00  0.00
TER      0              0
ATOM    83  O22 DDM    2      1.292  2.253  10.624  0.00  0.00
ATOM    84  H22 DDM    2      2.169  2.339  10.244  0.00  0.00
ATOM    85  C22 DDM    2      1.453  2.811  11.976  0.00  0.00
ATOM    86  H42 DDM    2      1.031  1.990  12.556  0.00  0.00
.
.
.
The column 6, 7 and 8 represent x, y and z data respectively.

I am new to perl but I tried to write simple code to read the pdb file.

Code:
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use diagnostics;
##################

open (PDB,'malto.dat') or die "Could not open file.\n";

my @lines=<PDB>;
print @lines;
close(PDB);
This code could only read the data from the file.

What I need is the code to read the data and store the column 6,7,8 into x,y,z variable respectively and ignore the first line in the file.

Appreciate if anyone could guide.
Thanks

tronayne 11-28-2012 07:44 AM
Well, I don't know diddly about perl but I do know about AWK:
Code:
BEGIN {
}
{
        if ($1 == "REMARK") {
                ;
        } else if ($1 == "TER") {
                ;
        } else {
                printf ("%f %f %f\n", $6, $7, $8);
        }
}
The above is data.awk, your data is in a file, data:
Code:
awk -f data.awk data
Produces
Code:
2.800000 4.419000 20.868000
3.427000 4.096000 20.216000
3.351000 5.588000 21.698000
3.456000 5.274000 22.736000
2.530000 6.846000 21.639000
2.347000 7.159000 20.611000
1.313000 6.498000 22.334000
0.903000 5.837000 21.771000
3.073000 8.109000 22.266000
3.139000 7.837000 23.319000
2.218000 9.278000 22.007000
That can be redirected into a file and read by whatever method or program you are using to analyze the information (C, FORTRAN, whatever). It could also be redirected into an application that expects three numeric values as input.

Perhaps a little more information about what you're doing (and how) would be useful? As in, are you trying to write a program that does the analysis? Is the "TER" tag the termination of a data set and it's time to calculate some stuff? Personally, I'd do this in C (nothing real complicated here) but that may not be to your taste so maybe a little more explanation might make it easier to help out, eh?

Hope this helps some.

theNbomr 11-28-2012 09:03 AM
A problem such as this one virtually screams for a solution in AWK, and tronayne has given pretty much the definitive solution as far as I can tell. However, this Perl one-liner seems to do the trick.
Code:
perl -e 'while(<>){@columns=split /\s+/, $_; if($columns[0]=~ m/ATOM/){ print "$columns[5], $columns[6], $columns[7]\n";}}'
Note the use of zero-based column numbers.

--- rod.


All times are GMT -5. The time now is 03:25 AM.