OK. I've found a ~/.nestopia/input.conf file. It looks like I can alter the button mapping there. I am having great difficulty in discovering the strings my gamepad sends.
Code:
root@caitlyn:~# xboxdrv
xboxdrv 0.8.5 - http://pingus.seul.org/~grumbel/xboxdrv/
Copyright © 2008-2011 Ingo Ruhnke <grumbel@gmx.de>
Licensed under GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>
This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
This is free software, and you are welcome to redistribute it under certain conditions; see the
file COPYING for details.
Controller: Logitech F310
Vendor/Product: 046d:c21d
USB Path: 003:013
Controller Type: Xbox360
Your Xbox/Xbox360 controller should now be available as:
/dev/input/js0
/dev/input/event14
Press Ctrl-c to quit, use '--silent' to suppress the event output
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:0 dd:0 dl:0 dr:0 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:1 LT: 0 RT: 0
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:0 dd:0 dl:0 dr:0 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:0 LT: 0 RT: 0
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:1 dd:0 dl:0 dr:0 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:0 LT: 0 RT: 0
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:0 dd:0 dl:0 dr:0 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:0 LT: 0 RT: 0
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:1 dd:0 dl:0 dr:0 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:0 LT: 0 RT: 0
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:0 dd:0 dl:0 dr:0 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:0 LT: 0 RT: 0
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:0 dd:0 dl:0 dr:1 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:0 LT: 0 RT: 0
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:0 dd:0 dl:0 dr:0 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:0 LT: 0 RT: 0
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:0 dd:1 dl:0 dr:0 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:0 LT: 0 RT: 0
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:0 dd:0 dl:0 dr:0 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:0 LT: 0 RT: 0
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:0 dd:0 dl:1 dr:0 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:0 LT: 0 RT: 0
X1: 128 Y1: 1413 X2: 128 Y2: 128 du:0 dd:0 dl:0 dr:0 back:0 guide:0 start:0 TL:0 TR:0 A:0 B:0 X:0 Y:0 LB:0 RB:0 LT: 0 RT: 0
This is from when I last started xboxdrv and pressed buttons on the D-Pad.